OpenMM
| 原作者 | Peter Eastman |
|---|---|
| 开发者 | 史丹佛大学 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 庞培法布拉大学 国家心肺与血液研究所 |
| 首次发布 | 2010年1月20日[1] |
| 当前版本 | 8.2.0（2024年11月8日[2]） |
| 源代码库 | |
| 编程语言 | C++、C语言、CUDA、Python |
| 操作系统 | Linux、macOS、Windows |
| 平台 | 多种 |
| 语言 | 英语 |
| 类型 | 分子动力学 |
| 许可协议 | MIT许可证 LGPL |
| 网站 | openmm |
OpenMM是一个用于在各种硬体架构上执行分子动力学模拟的函式库。该函式库于2010年1月首次发布[1]，由史丹佛大学维杰·S·潘德实验室的彼得·伊斯特曼（Peter Eastman）所开发。其最为人称道之处，在于它被应用于Folding@home专案的core22核心中。同样由潘德实验室开发的Core22，利用OpenMM透过CUDA和OpenCL在GPU上执行蛋白质动力学模拟。在COVID-19疫情期间，据估计曾有高达280,000颗GPU透过Core22运行OpenMM[3]。
功能
[编辑]OpenMM提供C++ API以及Python封装函式。开发人员能够自订力场以及积分器，以进行低阶模拟控制。若使用者仅需对模拟进行高阶控制，则可使用内建力场（包含多种常用力场）以及内建积分器，例如朗之万、韦尔莱、诺斯-胡佛及布朗运动积分器。
参见
[编辑]参考资料
[编辑]- ^ 1.0 1.1 SimTK: OpenMM: Downloads. SimTK. 2020-12-10 [2022-09-09].
- ^ Release OpenMM 8.2.0 · openmm/openmm. GitHub. 2024-11-08 [2025-02-27].
- ^ Zimmerman, Maxwell I.; Porter, Justin R.; Ward, Michael D.; Singh, Sukrit; Vithani, Neha; Meller, Artur; Mallimadugula, Upasana L.; Kuhn, Catherine E.; Borowsky, Jonathan H.; Wiewiora, Rafal P.; Hurley, Matthew F. D.; Harbison, Aoife M.; Fogarty, Carl A.; Coffland, Joseph E.; Fadda, Elisa; Voelz, Vincent A.; Chodera, John D.; Bowman, Gregory R. SARS-CoV-2 simulations go exascale to predict dramatic spike opening and cryptic pockets across the proteome. Nature Chemistry (Springer Science and Business Media LLC). 2021-05-24, 13 (7): 651–659. Bibcode:2021NatCh..13..651Z. ISSN 1755-4330. PMC 8249329
. PMID 34031561. doi:10.1038/s41557-021-00707-0 .
